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1、办公室
科室职能：
制定局机关和本系统的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和外事工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；制定办公规章制度；负责本系统目标管理考核及督查督办工作；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议、政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。
2、政策法规科
科室职能：
进行税收政策调查研究；负责本机关的日常法律事务和综合税收业务的协调；负责对本机关制定的税收规范性文件进行法律把关、清理、鉴定和汇编；负责地方性税收法规、规章、规范性文件的备查备案；负责税收执法检查的指导、组织、协调、实施和处理工作；负责指导和办理重大税务案件的审理和行政处罚听证工作；负责指导和办理税务行政复议、税务行政诉讼、税务行政赔偿工作；牵头组织和指导税收执法责任制的实施。
3、流转税管理科
科室职能：
负责流转税等税种税政业务并对其执行情况进行监督检查；拟订有关流转税征收管理的具体办法；管理增值税专用发票；负责金税工程流转税业务的管理及推广应用工作。
4、所得税管理科
科室职能：
负责所得税税政业务并对其执行情况进行监督检查；拟订有关所得税征收管理的具体办法；负责城市商业银行、城乡信用社的财务制度管理工作。
5、国际税务管理科
科室职能：
负责国际税收协定执行、反避税实施、涉外税务审计、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责现行涉外企业所得税税收政策管理并对执行情况和日常管理情况进行监督检查。
6、进出口税收管理科
科室职能：
负责国家进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核审批、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反避税检查。
7、征收管理科
科室职能：
组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度并制定综合性税收征管制度和办法；负责税务登记等税收资料的管理；牵头对征管质量的综合考核；指导个体工商户和集贸市场税收征管；负责组织征管软件和除涉及增值税防伪税控以外的税控器具的推广和应用工作；负责社会性协税护税及协助司法机关打击伪造、倒卖、盗窃普通发票等违法活动；负责税款缓缴、呆帐税金、死欠税款核销管理工作；牵头负责纳税评估综合性制度、办法的制定和组织实施工作；负责纳税服务、日常税源基础管理、日常管理性检查及其综合制度、办法的制定；负责税务代理工作的监督、管理、指导。
8、计划征收科（对外称办税服务厅）
科室职能：
负责税收计划管理、税收会计、统计和信息数据的分析汇总；承担纳税人申报纳税信息的集中处理和会统核算工作，组织并检查税款入、退库；负责税源资料的调查和测算，进行税收分析，监控重点税源；负责对税收票证的管理；承担合并设置的办税服务厅的各项工作职责。
办税服务厅的主要职责：
办税服务厅主要负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，具体包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、税法宣传、金税发售、报税稽核、咨询辅导和受理减免申请及有关优惠政策申请等；承办领导交办的其它工作。
9、财务管理科
科室职能：
负责市局机关本级及系统经费、财务、基本建设、装备和资产的管理工作；组织内部审计和政府采购工作；负责所属单位的财务管理和监督。
10、人事教育科
科室职能：
研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、考核、录用、调配、交流、辞退、劳动工资、人事档案管理、专业技术职务等人事管理工作;负责对下一级领导班子和领导干部的监督管理和后备人选的培养选拔工作；负责本系统思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作；指导系统党建、工会、共青团和妇联工作。负责本系统干部的职务培训、岗前培训、业务培训等工作。
11、监察室
科室职能：
负责本系统各级国税机关及工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及有关法律、法规、政策情况的监督检查；负责本系统党的纪律检查、行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责本级管理干部信访举报、违法违纪案件和系统内重大案件查处工作。
12、南宁市国税局办税服务厅（车辆购置税）
科室职能：
负责征收车辆购置税及纳税人到税务机关办理的各种车购税涉税事项。 | 
